În ultimii ani au fost obţinute progrese notorii în activitatea Departamentului Instituţiilor Penitenciare, iar performanţa profesională a personalului penitenciar s-a îmbunătăţit constant.
Cooperarea cu organizaţiile non-guvernamentale şi societatea civilă atestă o îmbunătăţire a arealului de activitate al sistemului penitenciar din Republica Moldova.
Departamentul Instituţiilor Penitenciare întreţine o relaţie frumoasă de cooperare cu societatea civilă. În scopul susţinerii reformelor penitenciare şi îmbunătăţirii condiţiilor de detenţie în instituţiile penitenciare, în acest proces au fost antrenate mai multe organizaţii nonguvernamentale, cum ar fi:
Printre organizaţiile nonguvernamentale pot fi enumerate:
- Societatea Internaţională a Drepturilor Omului Secţia din Republica Moldova (SIDO-SRM)- colaborarea în domeniul resocializării deţinuţilor, pregătirea de liberare a condamnaţilor şi instruirea personalului;
- Organizaţia neguvernamentală „CARLUX”- a încheiat un contract de cooperare cu Departamentul Instituţiilor Penitenciare. S-a discutat posibilitatea intrării sistemului penitenciar naţional în reţeaua „Proiect de sănătate pentru penitenciare”, finanţată de Banca Mondială. S-a propus realizarea unui proiect la Spitalul penitenciar din Pruncul, costul aproximativ va constitui 90 mii Euro, finanţat de „CARLUX”, esenţa căruia constă în construcţia unui bloc cu celule pentru mamele cu copii, care va include un încăperi de tratament cu 5 camere şi încăperi cu destinaţie medicală şi sanitară;
- ONG “Proiecte Inovatoare în Penitenciare” - strâns colaborează cu Departamentul Instituţiilor Penitenciare al Ministerului Justiţiei al Republicii Moldova din an.2002. Misiunea organizaţiei – organizaţia neguvernamentală activează prin intermediul unei echipe de profesionişti în domeniile asistenţei medicale, psihosociale şi de avocare a drepturilor deţinuţilor, având ca scop îmbunătăţirea sănătăţii fizice şi spirituale în beneficiul persoanelor privative de libertate şi a sănătăţii societăţii în general. ONG are o bogată experienţă în realizarea activităţilor de reducere a noxelor în toate penitenciarele: distribuirea medicamentilor, dezinfectanţilor, condoamelor, soluţiilor antiseptice, shimb de seringi, suport informaţional a deţinuţilor şi a colaboratorilor din penitenciare. Autorităţile departamentului susţin activităţile organizaţiei, precum şi participă în evaluarea activităţilor ONG-ului şi implementarea iniţiativelor noi. ;
- Institutul de Reforme Penale (IRP) - activează în domeniul instruirii personalului, resocializarea deţinuţilor, asigurarea cu literatură în domeniul drepturilor omului, suport în elaborarea cadrului legislativ-normativ al sistemului penitenciar;
- Liga Apărării Drepturilor Omului din Moldova (LADOM) - efectuează vizitele la Instituţiile penitenciare cu scopul acordării asistenţei juridice persoanelor aflate în detenţie;
- Centrul Medical de Reabilitare Victimelor Torturii "MEMORIA" desfăşoară treninguri în unele din instituţii penitenciare cu genericul "Diminuarea violenţei în mediul penitenciar", prevăzute în cadrul proiectului "O lume mai bună şi pentru minorii din detenţie";
- Asociaţia obştească “ADRA”;
- Asociaţia obştească “Viaţa Nouă”.
Organizaţiile nonguvernamentale menţionate efectuează periodic vizite în instituţiile penitenciare, scopul cărora este acordarea asistenţei juridice deţinuţilor, pregătirea lor către eliberare, desfăşurarea unor treninguri pentru soluţionarea problemelor cu care se confruntă aceştia.
Totodată, este de menţionat parteneriatul cu reprezentanţii diverselor confesiuni religioase, cum ar fi: Biserica Ortodoxă, Uniunea Bisericilor Creştinilor Evanghelişti-Baptişti, Biserica Adventiştilor de Ziua a şaptea, Cultul Penticostal, Comunitatea "Biserica Păcii", Cultul Carismatic, Biserica Biblică, Armata Salvării şi altele.
Reprezentanţii confesiunilor religioase efectuează vizite în instituţiile penitenciare, susţinînd prelegeri şi discuţii, concerte de muzică religioasă şi mese de binefacere. Deasemenea, în contextul cooperării cu confesiunile nominalizatte, sistemul penitenciar a beneficiat de numeroase ajutoare umanitare.